Compete à fiscalização do meio ambiente o cumprimento da legislação federal, estadual e municipal para preservação das APAs - Áreas de Proteção Ambiental de São José dos Campos, que engloba a APA de São Francisco Xavier, a APA do Banhado, Jaguari/Rio do Peixe (região norte) e APA de Jambeiro (abaixo da Carvalho Pinto), e das APPs - Áreas de Preservação Permanente, localizadas em zona urbana e rural, que representam um limite ao redor de nascentes, rios e cursos  d'água, onde não pode haver qualquer tipo de obra ou intervenção humana. A atuação também contempla todo o território do município no combate às queimadas, desmatamento, corte ou poda ilegal de árvores, descarte clandestino de entulho e fontes de poluição da água e do ar.

O monitoramento pelos agentes públicos é constante, mas a fiscalização pode também ser motivada por denúncias por meio do serviço 156 da Prefeitura. O trabalho tem a ajuda da tecnologia, por meio de fotos e imagens aéreas e de satélite e softwares de geoprocessamento, que conferem mais agilidade e eficácia ao processo .

Proteção do Cerrado

Em 2009, a Prefeitura iniciou um mapeamento das ocorrências de vegetação de cerrado no município, visando a preservação dos remanescentes e criação de parques naturais de proteção deste ecossistema.