A compensação ambiental é um mecanismo utilizado para mitigar o impacto causado no meio ambiente por uma obra ou ação. Ela incide em processos de licenciamento ambiental de empreendimentos públicos e privados, tal como obras viárias, edificações, etc,  e também em casos de infração por corte ilegal de árvores, e resulta na doação de mudas de árvores nativas para reflorestamento de áreas.

Toda supressão de árvore autorizada prevê uma compensação ambiental correspondente. Normalmente a proporção é de 10 mudas de árvores nativas para cada árvore exótica suprimida e de 25 mudas nativas para cada nativa suprimida.

A compensação ambiental pode ser feita por meio de doação de mudas à Secretaria, no caso de pessoas físicas, ou de plantio e conservação realizada pelo próprio compensador em locais indicados pela secretaria, no caso de pessoas jurídicas.

A Secretaria de Meio Ambiente também realiza o plantio de mudas de árvores referente aos Termos de Compromisso de Recuperação Ambiental (TCRA´s) gerados no licenciamento de obras públicas da Prefeitura.