A Junta de Serviço Militar de São José dos Campos presta serviços administrativos ao Exército Brasileiro e é um órgão mantido pela Prefeitura.

O órgão tem como funções o alistamento militar, emissão de documentos pertinentes ao Exército Brasileiro e regularização da situação militar.

Além disso, a Junta de Serviço Militar presta outros serviços como dispensa e adiamento de incorporação, inserção e eximição do serviço militar, seleção, serviço alternativo ao serviço militar, recusa e prestação do serviço militar obrigatório, reaquisição de direitos políticos, preferenciamento e transferência de forças armadas, unificação do alistamento, reabilitação, retificação dos dados e opção de nacionalidade.