Cabe à Secretaria de Administração da Prefeitura de São José dos Campos planejar, implantar e controlar a instalação de serviços em toda a Prefeitura, fornecendo, para isso, suporte para o funcionamento e organização racional dos órgãos municipais. A Secretaria de Administração é responsável pelos seguintes departamentos: Recursos Humanos, Serviços Internos, Recursos Materiais e Informática.